Thánh Gioan có lẽ sinh vào khoảng năm 1540, ở Fontiveros gần Avila, Tây Ban Nha. Cha của ngài qua đời khi ngài còn rất nhỏ, ngài phải theo mẹ đi hết nơi này đến nơi khác, trong khi vừa cố gắng hết sức để kiếm sống và tiếp tục việc học hành. Ngài được mặc áo dòng Cát Minh vào năm 1563 và sau một năm nhà tập, Ngài được cho phép sống theo luật Cát Minh nghiêm ngặt. Ngài được thụ phong linh mục năm 1567 sau khi học triết học và thần học tại Salamanca, và cùng năm đó, ngài gặp Thánh Têrêsa Chúa Giêsu, người mà trước đó ít lâu được phép Bề trên tổng quyền Rossi cho thành lập hai cộng đoàn nam tu sỹ Cát Minh chiêm niệm (sau đó gọi là Cát Minh chân không) để có thể giúp đỡ những cộng đoàn nữ đan sỹ mà thánh nữ đã thành lập. Một năm sau đó – trong khi cùng hành trình với Têrêsa – ngày 28 tháng 11 năm 1568, Gioan trở thành thành viên của nhóm những tu sĩ Cát Minh Cải tổ đầu tiên ở Duruelo, và đổi tên từ Gioan Thánh Matthia thành Gioan Thánh Giá.
Ngài giữ nhiều vị trí khác nhau trong nhóm Cải tổ. Từ năm 1572 đến 1577, ngài là cha giải tội chung cho đan viện Incarnation ở Avila (đan viện lúc này chưa cải tổ nhưng Têrêsa đang là viện mẫu). Trong khi thi hành nhiệm vụ, Gioan trở thành liên lụy vào cuộc tranh cãi không vui trong đan viện, và ngài bị coi như có một phần trách nhiệm trong cuộc tranh cãi này. Kết cục, ngài bị bắt giữ và bị tống giam trong khoảng tám tháng tại nhà của Dòng Cát Minh ở Toledo. Ngài trốn thoát vào tháng tám năm 1758. Trong thời gian bị giam giữ, ngài sáng tác nhiều bài thơ mà sau đó ngài viết những lời bình trong những kiệt tác tâm linh được tán dương của ngài.
Sau khi ở Toledo, ngài được chỉ định làm bề trên lần lượt hết tu viện này đến tu viện khác, đến năm 1591, Cha Nicolas Doria, Phó tổng quyền (Nhóm cải tổ, đến thời gian này, đã đạt được những quyền tự trị nhất định) đã truất Gioan khỏi tất cả mọi vị trí công việc. Trong những năm cuối đời, không những Gioan, một người đã hết mình cho công việc cải tổ, chỉ chịu thử thách này thôi nhưng còn gánh chịu nhiều thử thách khác nữa mà ngài đón nhận như một vị thánh. Ngài qua đời vào khoảng ngày 13 hay 14 tháng 12 năm 1591 tại Ubeda, ở tuổi 49.
Ngài thông truyền linh đạo mình chủ yếu qua ngôn ngữ và chỉ viết lại do bị nài nỉ. Chủ đề chính trong giáo huấn của ngài, làm cho ngài nổi tiếng trong và ngoài giáo hội công giáo, liên quan đến sự kết hiệp giữa con người với Thiên Chúa nhờ ân sủng, nhờ Đức Giêsu Kitô: ngài miêu tả hành trình tâm linh từ giai đoạn khởi đầu đến mức độ cao siêu, đòi hỏi phải qua những bước thanh luyện, soi chiếu và nhiệm hiệp. Nói cách khác, giai đoạn cho người mới bắt đầu, người thành thạo và cho người gần đạt đến trọn lành. Như Thánh Gioan nói: để đạt tới Đấng Tất Cả là Thiên Chúa, điều cần thiết là con người phải cho đi tất cả chính mình, không phải như là nô lệ nhưng do được gợi hứng bởi tình yêu. Như lời cách ngôn trứ danh của Thánh Gioan là: “khi tuổi đã xế bóng, thì con người sẽ được xét đoán tùy vào người đó yêu nhiều hay ít” và “nơi nào không có tình yêu, bạn hãy mang tình yêu đến và bạn sẽ tìm thấy tình yêu.” Đức giáo hoàng Biển Đức XIII tôn phong ngài lên hàng hiển thánh ngày 27 tháng 12 năm 1726 và ngài được tuyên phong là tiến sỹ hội thánh bởi Đức giáo hoàng Piô XI ngày 24 tháng 8 năm 1926.
Ngài giữ nhiều vị trí khác nhau trong nhóm Cải tổ. Từ năm 1572 đến 1577, ngài là cha giải tội chung cho đan viện Incarnation ở Avila (đan viện lúc này chưa cải tổ nhưng Têrêsa đang là viện mẫu). Trong khi thi hành nhiệm vụ, Gioan trở thành liên lụy vào cuộc tranh cãi không vui trong đan viện, và ngài bị coi như có một phần trách nhiệm trong cuộc tranh cãi này. Kết cục, ngài bị bắt giữ và bị tống giam trong khoảng tám tháng tại nhà của Dòng Cát Minh ở Toledo. Ngài trốn thoát vào tháng tám năm 1758. Trong thời gian bị giam giữ, ngài sáng tác nhiều bài thơ mà sau đó ngài viết những lời bình trong những kiệt tác tâm linh được tán dương của ngài.
Sau khi ở Toledo, ngài được chỉ định làm bề trên lần lượt hết tu viện này đến tu viện khác, đến năm 1591, Cha Nicolas Doria, Phó tổng quyền (Nhóm cải tổ, đến thời gian này, đã đạt được những quyền tự trị nhất định) đã truất Gioan khỏi tất cả mọi vị trí công việc. Trong những năm cuối đời, không những Gioan, một người đã hết mình cho công việc cải tổ, chỉ chịu thử thách này thôi nhưng còn gánh chịu nhiều thử thách khác nữa mà ngài đón nhận như một vị thánh. Ngài qua đời vào khoảng ngày 13 hay 14 tháng 12 năm 1591 tại Ubeda, ở tuổi 49.
Ngài thông truyền linh đạo mình chủ yếu qua ngôn ngữ và chỉ viết lại do bị nài nỉ. Chủ đề chính trong giáo huấn của ngài, làm cho ngài nổi tiếng trong và ngoài giáo hội công giáo, liên quan đến sự kết hiệp giữa con người với Thiên Chúa nhờ ân sủng, nhờ Đức Giêsu Kitô: ngài miêu tả hành trình tâm linh từ giai đoạn khởi đầu đến mức độ cao siêu, đòi hỏi phải qua những bước thanh luyện, soi chiếu và nhiệm hiệp. Nói cách khác, giai đoạn cho người mới bắt đầu, người thành thạo và cho người gần đạt đến trọn lành. Như Thánh Gioan nói: để đạt tới Đấng Tất Cả là Thiên Chúa, điều cần thiết là con người phải cho đi tất cả chính mình, không phải như là nô lệ nhưng do được gợi hứng bởi tình yêu. Như lời cách ngôn trứ danh của Thánh Gioan là: “khi tuổi đã xế bóng, thì con người sẽ được xét đoán tùy vào người đó yêu nhiều hay ít” và “nơi nào không có tình yêu, bạn hãy mang tình yêu đến và bạn sẽ tìm thấy tình yêu.” Đức giáo hoàng Biển Đức XIII tôn phong ngài lên hàng hiển thánh ngày 27 tháng 12 năm 1726 và ngài được tuyên phong là tiến sỹ hội thánh bởi Đức giáo hoàng Piô XI ngày 24 tháng 8 năm 1926.